癌症微生物组的关键研究受到质疑

今天为大家介绍的是来自Catherine Offord的一篇短文。几年前，当科学家在《自然》杂志上报告说各种类型的癌症与不同的微生物群落一致关联时，临床可能性令人心动。2020年的一篇论文利用一种人工智能形式来解析与特定癌症相关的微生物DNA，并提出了“基于微生物组的新型癌症诊断工具”概念。此项研究至今已经引用了数百次，为其他超过10项研究提供了数据，并帮助支持至少一个商业项目，旨在利用血液中的微生物序列来揭示癌症的存在。

最近一组研究人员声称发现了“重大数据分析错误”，从而对该论文的结论产生了质疑。根据上周在预印本服务器bioRxiv上发布的手稿，这些研究人员声称《自然》的作者未能从已测序的癌症组织数据库中正确地过滤出人类DNA。这导致数百万个人类序列被错误地分类为微生物序列。此外，预印本还指出，在团队分析过程中发生的一个独立的计算错误无意中产生了在原本不存在的情况下产生了特定于癌症的模式。预印本的一位作者、约翰斯·霍普金斯大学计算生物学家Steven Salzberg表示，该论文的“重大结论是完全错误的”。

加利福尼亚大学圣迭戈分校的微生物学家罗布·奈特（Rob Knight）是《自然》论文的作者，他拒绝了这些批评，并指出他的实验室已经在对同一些科学家早期预印本的回应中驳斥了这些批评。“这份新的预印本没有什么新内容，这些问题早已公开回应过了，”奈特说道。他于2019年共同创办了公司Micronoma，旨在开发基于微生物组的癌症诊断技术。他还提到了他的团队在2022年发表在《细胞》杂志上的论文，该论文使用更新的方法分析了肿瘤中的微生物，并得出了与《自然》论文类似的结论。然而，旁观的研究人员表示，新的预印本超越了早期的质疑，其论点引人深思。微生物组科学无疑具有生物医学潜力，其他研究团队也将微生物与特定癌症相关联。但是，这场争论为依赖大量计算方法的微生物组研究提供了一个警示故事。

参考资料

Offord C. Key study of cancer microbiomes challenged. Science. 2023 Aug 11;381(6658):590-591. doi: 10.1126/science.adk2103. Epub 2023 Aug 10. PMID: 37561845.