【官宣】喜大普奔：PDBbind数据库终于又双叒叕更新啦

在经历了N次跳票（并且部分用户已表达了不满）之后，我们高兴地宣布：PDBbind数据库的最新版（2021版）终于正式上线公布啦！

本团队构建的PDBbind数据库致力于系统地收集和整理Protein Data Bank中各类复合物的三维结构信息及其对应的亲合性实验数据。此类数据信息在发展描述靶标–配体相互作用的计算方法等类型工作中发挥着不可替代的重要作用。因此，PDBbind数据库在过去近20年来得到了极广泛的应用，成为了我国在药物设计领域中创建的拥有自主知识产权的最知名的数据库之一。据不完全统计，国内外用户利用PDBbind数据库提供的高质量数据信息已公开发表的研究工作就超过了1000项。

PDBbind数据库2021版是该数据库历史上最重要的一次更新，标志着一个全新的开端。PDBbind 2021版以及未来的版本将唯一地在全新的PDBbind+网络平台上发布（http://www.pdbbind-plus.org.cn/）。简而言之，PDBbind 2021版的主要亮点包括：

（1）功能显著增强的网络平台：全新的PDBbind+平台基于行业领先的IT企业提供的商业云服务器资源，为用户提供更稳定的网络连接和支持更强大的在线计算服务，并提供用于结构可视化和数据分析的先进功能和增强的用户体验。另外，该平台集成了本团队自主研发的反向找靶COMET方法，用户可以在线提交作业并快速获得反馈结果。PDBbind+平台未来将整合更多实用功能，打造成一个面向药物设计的综合性服务平台。

（2）规模显著扩展的亲合性实验数据：从原始文献中精心收集的复合物亲合性实验数据是PDBbind数据库的核心价值。PDBbind 2021版本基于Protein Data Bank在2021年1月发布的内容来制作，包含27408个生物分子复合物的亲合性实验数据（其中蛋白–配体复合物22920个，蛋白–蛋白复合物3176个，蛋白–核酸复合物1141个，以及核酸–配体复合物171个），数据总量比上一个版本（2020版）增长了约20%。

（3）质量显著改善的复合物结构文件：经过细致的预处理、开箱即用的蛋白–配体复合物三维结构文件是PDBbind数据库的另一项核心价值。在制作新版本的过程中，我们设计和实施了全新的工作流程来处理源自Protein Data Bank的结构文件，保证蛋白分子及配体分子在给定文件格式下得到准确且合理的表征。PDBbind数据库之前版本中包含的蛋白–配体复合物结构文件在此次更新中也采用新的工作流程彻底进行了重制，解决了过去遗留的种种问题，显著提升了结构文件的整体质量。

为了传承我们长期以来服务药物设计领域中同行的光荣传统，所有用户依然可以免费在PDBbind+平台上注册并自动成为体验用户。体验用户（demo
user）可以访问PDBbind+平台上免费提供的数据（例如PDBbind 2020版）和在线计算功能（例如试用COMET方法）。如果您已经是PDBbind-CN老网站（http://www.pdbbind.org.cn/）的注册用户，您在近期内将收到我们的通知邮件，帮助您轻松实现在PDBbind+新网站上的注册手续和账户信息迁移。

对于那些希望使用PDBbind最新版本（目前为2021版）和额外功能的用户，我们提供购买选项，并收取适度的使用许可费。付费用户将可解锁PDBbind+平台上所有可用数据和计算功能的完全访问权限。具体情况请了解PDBbind+平台上公布的相关信息（https://www.pdbbind-plus.org.cn/subscribe）。发展自主知识产权的数据库不易，敬请用户自觉遵守版权使用协议的规定。如果发现用户有违反协议的行为，我们保留追究相关责任的权利。

自2007年首次上线公布以来，我们基本保持每年定期更新PDBbind数据库。然而，PDBbind 2021版本的公布显然大大落后于正常的更新时间表，其中主要的原因是此次更新需要极大的额外工作量，COVID-19的大流行以及其他一些技术原因。由于我们在制作2021版本的过程中已成功建立了新的工作流程，我们相信在不久的将来就会恢复每年发布更新的做法。

我们感谢各位用户过去对PDBbind数据库的关注和支持。您们的支持激励着我们继续努力将PDBbind数据库发展为更有价值的社区资源。

2024年3月29日

【注】PDBbind数据库的版权由复旦大学所有。PDBbind+网络平台由上海陶术生物科技有限公司协助建立和运营。